醫院污水處理設備普遍采用生化處理工藝，接觸氧化法、SBR法、A/O法等，這些方式是目前是最經濟、最適用的污水處理工藝。目前在醫院污水處理設備研究和應用領域，普遍存在的問題有以下幾點：

采用傳統的活性污泥法，往往基建費、運行費高，能耗大，管理較復雜，易出現污泥膨脹現象;工藝設備不能滿足高效低耗的要求。隨著污水排放標準的不斷嚴格，對污水中氮、磷等營養物質的排放要求較高，傳統的具有脫氮除磷功能的污水處理工藝多以活性污泥法為主，往往需要將多個厭氧和好氧反應池串聯，形成多級反應池，通過增加內循環來達到脫氮除磷的目的，這勢必要增加基建投資的費用及能耗，并且使運行管理較為復雜。 水體富營養化主要原因是人類向水體排放了大量的氨氮和磷，磷更是水體富營養化的最主要因素。縱觀國內生活污水處理設備流程工藝，除磷技術一直是困擾污水處理廠運行的難題。傳統的物化除磷技術需要大量的藥劑，具有運行成本高，污泥產量大的缺點;前置厭氧的生物除磷工藝具有運行費用低的優點，但是由于完全依賴于微生物的攝磷、釋磷作用，難以達到國家污水處理工藝流程的要求。當考慮中水回用時，則更難以達到要求。

城鎮污水的處理多以集中處理為主，龐大的污水收集系統的投資遠遠超過污水處理廠本身的投資，因此建設大型的污水處理廠，集中處理生活污水，從污水再生回用的角度來說不一定是唯可取的方案。